Sasaran Mutu Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta adalah sebagai berikut :

• • Capaian kompetensi nilai-nilai keislaman mahasiswa sesuai dengan faham Muhammadiyah dengan nilai baik minimal 90% per tahun.
  • Mahasiswa menyelesaikan studi tepat waktu 98% per tahun.
  • Tingkat kelulusan first taker uji kompetensi 97% per periode ujian.
  • Lulusan berkarya sesuai kompetensi dengan masa tunggu kurang dari 4 bulan.
  • Lulusan yang menjadi entrepreneur minimal 10%.
  • Prestasi mahasiswa di tingkat nasional minimal 32 prestasi per tahun.
  • Partisipasi mahasiswa di tingkat internasional minimal 16 prestasi per tahun.
  • Institusi terakreditasi A oleh BAN PT
  • Program studi terakreditasi A minimal 25%.
  • Program studi terakreditasi internasional minimal 25%.
  • Jumlah penelitian berwawasan kesehatan yang menjadi rujukan pemecahan masalah minimal 3 per tahun.
  • Publikasi karya ilmiah dosen pada jurnal nasional minimal 50 artikel per tahun.
  • Publikasi internasional dosen 75 artikel per tahun.
  • Dosen tetap pendidikan S3 minimal 5%.
  • Dosen tetap mempunyai jabatan lektor minimal 20%.
  • Jumlah penelitian berwawasan kesehatan yang diaplikasikan pada kegiatan pengabdian kepada masyarakat minimal 3 per tahun.
  • Jumlah community development kemitraan dengan Persyarikatan Muhammadiyah/ ’Aisyiyah minimal 1 per tahun.
  • Jumlah kegiatan pengabdian kepada masyarakat untuk pemberdayaan perempuan minimal 3 per tahun.
  • Policy paper tentang pemikiran Islam Berkemajuan minimal 10 per tahun.